A-704/2012

Arrêt du 27 novembre 2013

Composition

Pascal Mollard (président du collège),

Daniel Riedo, Markus Metz, juges,

Raphaël Bagnoud, greffier.

Parties

G._______, ***,

représentée par Maître Bénédict Boissonnas,

Perréard De Boccard SA, ***,

recourante,

contre

Administration fédérale des contributions AFC,

Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,

autorité inférieure.

Objet

TVA; aLTVA; chiffres d'affaires non comptabilisés et non déclarés; estimation; période du 25 juillet 2008 au 31 décembre 2009.

Faits :

A.

G._______ (ci-après: l'assujettie) - société inscrite au registre du commerce (RC) du canton de *** depuis le 25 juillet 2008 avec pour but l'importation, l'exportation, le commerce, la pose de granits, marbres, carrelages et autres matériaux de construction, le commerce de colles et de tous produits de traitement dans ce domaine - est immatriculée avec effet dès le 25 juillet 2008 au registre de l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'AFC) en qualité d'assujettie à la TVA.

B.

A l'occasion d'un contrôle opéré auprès de la fiduciaire de l'assujettie, l'AFC constata que la comptabilité de cette dernière pour l'année 2009 comportait d'importantes lacunes. Selon l'AFC, l'assujettie avait entre autres omis de déclarer et de comptabiliser certaines factures. En outre, elle considéra qu'il s'agissait d'opérer une correction par voie d'estimation en relation avec le solde négatif qu'accusait le compte caisse de l'assujettie 31 décembre 2009. Par suite, l'AFC établit la notification d'estimation n° *** du 4 avril 2011 - valant, selon elle, décision formelle - portant sur un montant d'impôt de Fr. 10'719.--, plus intérêt moratoire.

C.

L'assujettie contesta partiellement cette notification d'estimation par mémoire du 23 mai 2011. En vue de garantir le droit d'être entendue de cette dernière, l'AFC lui transmit les factures prétendument non comptabilisées par courrier du 1er septembre 2011, en lui indiquant avoir pris connaissance de ces factures lors d'un contrôle et qu'elle avait à cette occasion pu constater qu'elles avaient été réglées par le compte caisse. L'AFC donna en outre des explications concernant la reprise effectuée afin de corriger la situation de caisse négative et impartit à l'assujettie un délai au 3 octobre 2011 afin de compléter sa "réclamation", ce que cette dernière accomplit par mémoire du 3 octobre 2011.

D.

Par décision "sur réclamation" du 4 janvier 2012, l'AFC constata que la notification d'estimation du 4 avril 2011 était entrée en force pour le montant - non contesté par l'assujettie - de Fr. 182.90 et rejeta la réclamation du 23 mai 2011. Par mémoire du 6 février 2012, l'assujettie (ci-après: la recourante) a formé recours contre cette décision auprès du Tribunal administratif fédéral, en concluant à son annulation. Par réponse du 29 mars 2012, l'AFC (ci-après: l'autorité inférieure) a conclu au rejet du recours.

E.

Par courrier du 3 juin 2013, la recourante a requis la suspension de la procédure jusqu'à droit connu dans la procédure pénale intentée contre l'ancien administrateur de la société. Par prise de position du 7 août 2013, l'autorité inférieure a déclaré s'opposer à la suspension. Par décision incidente du 14 août 2013, le Tribunal administratif fédéral a rejeté la demande de la recourante. Par courrier du 20 septembre 2013, cette dernière a notamment informé le Tribunal qu'elle ne formerait pas recours contre la décision incidente du 14 août 2013 et sollicité l'apport du dossier pénal dans la présente procédure.

Pour autant que besoin, les autres faits seront repris dans les considérants qui suivent.

Droit :

1.

1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF). L'AFC étant une autorité au sens de l'art. 33 let. d LTAF et aucune des exceptions de l'art. 32 n'étant réalisée, le Tribunal administratif fédéral est matériellement compétent pour connaître du présent litige.

1.2 Concernant la compétence fonctionnelle du Tribunal, il sied d'observer ce qui suit.

1.2.1 Selon la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 12 juin 2009 (LTVA, RS 641.20), dont le droit de procédure est applicable dès son entrée en vigueur à tous les cas pendants (cf. consid. 2.2 ci-après), les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification (cf. art. 83 LTVA). Il en résulte que l'assujetti a droit, en principe, à ce que l'AFC examine par deux fois son cas et prenne deux décisions successives à son sujet, dont la seconde est soumise à des exigences de forme plus élevées (cf. arrêts du Tribunal A-4506/2011 du 30 avril 2012 consid. 1.2.1, A-5747/2008 du 17 mars 2011 consid. 3.3.2 et A-1601/2006 du 4 mars 2010 consid. 5.1.2).

1.2.2 Concernant la notification d'estimation n° *** du 4 avril 2011, l'autorité inférieure l'a assimilée à une décision formelle et l'a assortie d'un droit de réclamation exerçable dans un délai de 30 jours suivant sa notification. Or, il résulte désormais clairement de la dernière jurisprudence du Tribunal administratif fédéral qu'une notification d'estimation ne constitue pas, en soi, une décision susceptible de faire partir un délai de réclamation (cf. notamment arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5805/2011 du 18 novembre 2013 [non entré en force] consid. 1.2.2, A-2534/2012 du 30 octobre 2013 [non entré en force] consid. 1.2.1 et A-707/2013 du 25 juillet 2013 [non entré en force] consid. 1.2.1). Il s'ensuit que la "réclamation" de la recourante du 23 mai 2011 et son complément du 3 octobre 2011 ne valent pas réclamation au sens de l'art. 83LTVA, mais doivent bien être considérés comme une demande de première décision au fond (cf. art. 82 al. 1 let. c). Partant, l'on ne saurait qualifier de décision "sur réclamation" le prononcé de l'autorité inférieure du 4 janvier 2012. Il en résulte que la compétence fonctionnelle du tribunal de céans n'est en principe pas donnée.

1.2.3 Toutefois, la décision en cause, qui représente indéniablement une décision au sens de l'art. 5 PA, est motivée en détail. Attendu que la recourante l'a déférée directement et sans réserve au Tribunal administratif fédéral, on peut en déduire qu'elle a accepté, à tout le moins implicitement, d'avoir été privée d'une procédure de réclamation en bonne et due forme et qu'elle consent à ce que son recours soit traité comme un recours "omisso medio", par application analogique de l'art. 83 al. 4 LTVA (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5805/2011 précité consid. 1.2.3, A-1017/2012 du 18 septembre 2012 consid. 1.2.3,

A-6740/2011 du 6 juin 2012 consid. 1.1.4 et A-5798/2011 du 29 mai 2012 consid. 1.3). Le Tribunal administratif fédéral est donc compétent pour connaître du présent litige.

1.3 La décision dont est recours, datée du 4 janvier 2012, a été notifiée le lendemain à la recourante. Le délai de recours de trente jour (art. 50 al. 1 PA) est ainsi intervenu à échéance le samedi 4 février 2012 et reporté au premier jour ouvrable suivant (art. 20 al. 3 PA), soit le lundi 6 février 2012. Déposé ce jour même par le destinataire de la décision attaquée (cf. art. 48 al. 1 PA), le mémoire de recours remplit en outre les exigences de forme et de contenu posées à l'art. 52 PA. Le recours est donc recevable et qu'il convient d'entrer en matière au fond.

2.

Le 1er janvier 2010, la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 12 juin 2009 (LTVA, RS 641.20) est entrée en vigueur. S'agissant du droit applicable, il y a lieu de distinguer ce qui a trait au fond de ce qui concerne la procédure.

2.1 Sur le plan du droit matériel, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation (art. 112 al. 1 LTVA). Dans la mesure où l'état de fait concerne les périodes allant du 25 juillet 2008 au 31 décembre 2009, la présente cause tombe matériellement sous le coup de la loi fédérale du 2 septembre 1999 sur la TVA (aLTVA, RO 2000 1300 et les modifications ultérieures) et de son ordonnance du 29 mars 2000 (aOLTVA, RO 2000 1347 et les modifications ultérieures), toutes deux en vigueur depuis le 1er janvier 2001 (cf. arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000 [RO 2000 1346] et art. 48 aOLTVA; cf. également art. 93 et 94 aLTVA).

2.2 Sur le plan du droit formel, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la LTVA (art. 113 al. 3 LTVA; concernant l'interprétation restrictive de cette disposition, cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1237/2012 du 23 octobre 2012 consid. 1.2, A-5798/2011 précité consid. 2.2.2 et

A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.2.2).

2.2.1 L'art. 81 LTVA fait partie des dispositions visées par l'art. 113 al. 3 LTVA, qui sont applicables immédiatement (cf. consid. 2.2 ci- avant), pour autant que l'acte de procédure en question (ou la décision concernée) ait été accompli après l'entrée en vigueur de la LTVA (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5798/2011 précité consid. 2.2.3, A-1325/2011 précité consid. 2.2.3 et A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 2.2.3). Toutefois, les alinéas 1 et 3 (première phrase) de l'art. A-704/2012 LTVA n'ont a priori pas de portée propre. Ainsi, le principe de la libre appréciation des preuves est applicable sans autre (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.2.3 et A-7675/2009 précité consid. 2.2.3; cf. également consid. 3.5.1 ci-après). En outre, la possibilité d'une appréciation anticipée des preuves demeure admissible, même dans le nouveau droit et a fortiori pour les cas pendants (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4695/2010 précité consid. 1.3 et

A-4674/2010 du 22 décembre 2011 consid. 1.4; Message du Conseil fédéral sur la simplification de la TVA du 25 juin 2008 in : Feuille fédérale [FF] 2008 p. 6394 s.; Pascal Mollard/Xavier Oberson/Anne Tissot Benedetto, Traité TVA, Bâle 2009, p. 1126 ch. 157).

2.2.2 Les dispositions en matière d'auto-taxation ne constituent pas des règles de procédure au sens restrictif précité. A cet égard, l'ancien droit reste applicable (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5798/2011 précité consid. 2.2.3, A-1325/2011 précité consid. 2.2.4 et A-4080/2010 du 9 septembre 2011 consid. 1.4; au sujet du principe d'auto-taxation, voir par exemple l'arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 précité consid. 5.1 et les références citées). Il en va de même des règles en matière de taxation par estimation (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5798/2011 précité consid. 2.2.3, A-1325/2011 précité consid. 2.2.4 et A-2690/2011 du 24 janvier 2012 consid.1.3). Concernant par ailleurs l'obligation des autorités fiscales de garder le secret sur les faits dont elles ont connaissance dans l'exercice de leurs fonctions, la question de l'applicabilité du nouveau droit (cf. art. 74 LTVA) peut rester ouverte, dans la mesure où celui-ci reprend en substance la disposition de l'ancien droit (cf. art. 55 aLTVA).

3.

3.1 Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (art. 49 let. a PA), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (art. 49 let. b PA) ou l'inopportunité (art. 49 let. c PA; cf. Ulrich Häfelin/Georg Müller/

Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6e éd., Zurich/St-Gall 2010, n. marg. 1758 ss; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, n. marg. 2.149).

3.2 Le Tribunal administratif fédéral applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 3e éd., Berne 2011, p. 300 s.). La procédure est régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que le Tribunal définit les faits et apprécie les preuves d'office et librement (cf. art. 12 PA; cf. également consid. 3.5 ci-après). Cette maxime doit cependant être relativisée par son corollaire, soit le devoir des parties de collaborer à l'établissement des faits (cf. art. 13 PA), ainsi que par le droit des parties, compris dans le droit d'être entendu, de participer à la procédure et d'influencer la prise de décision (cf. ATF 128 II 139 consid. 2b, 120 V 357 consid. 1a; cf. également consid. 6 ci-après). Le recourant doit ainsi renseigner le juge sur les faits de la cause, indiquer les moyens de preuve disponibles et motiver sa requête (art. 52 PA; cf. ATF 122 V 11 consid. 1b et 122 V 157 consid. 1a; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4674/2010 précité consid. 1.3, Alfred Kölz/Isabelle Hänner/Martin Bertschi, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, Zurich 2013, ch. 1135 s.). Le Tribunal administratif fédéral s'impose en outre une certaine retenue dans son examen en matière de taxation par estimation justifiée (arrêts du Tribunal administratif fédéral

A-5798/2011 précité consid. 3.3, A-1325/2011 précité consid. 3.3 et

A-7675/2009 précité consid. 3.4.1; cf. consid. 5.4 ci-après).

3.3 Il n'appartient en principe pas à l'autorité de recours d'établir les faits ab ovo. Dans le cadre de la présente procédure, il s'agit bien plus de vérifier les faits établis par l'autorité inférieure (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5884/2012 du 27 mai 2013 consid. 3.1, A-606/2012 du 24 janvier 2013 consid. 1.5.2 et A-1933/2011 du 29 mai 2012 consid. 3.2; cf. également Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., n. marg. 1.52; Pascal Mollard in : Xavier Oberson/Pascal Hinny [édit.], LT Commentaire droits de timbre, Zurich/Bâle/Genève 2006, ch. 12 ad art. 39a LT; Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, Vol. II, 3e éd., Berne 2011, p. 820; René Rhinow/Heinrich Koller/Christina Kiss/Daniela Thurnherr/Denise Brühl-Moser, Öffentliches Prozess-recht, 2e éd., Bâle 2010, n. marg. 294a p. 285). S'il apparaît que celle-ci a procédé à une constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents, il convient en règle générale de lui renvoyer la cause (cf. art. 61 al. 1 PA; Rhinow [et al.], op. cit, n. marg. 1597 et 1679).

3.4 Aux termes des art. 113 al. 3 et 81 LTVA, l'art. 12 PA est désormais immédiatement applicable. Concrètement, cela n'opère guère de changement (voir à cet égard l'arrêt du Tribunal administratif fédéral

A-4309/2008 et A-4313/2008 du 30 avril 2010 consid. 2.3), puisque, déjà auparavant, la procédure TVA était régie par le principe inquisitoire. Néanmoins, on peut dire que désormais, la loi consacre expressément la règle selon laquelle l'AFC se doit d'établir un état de faits aussi complet et exact que possible en appliquant ledit principe d'office (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-5884/2012 précité consid. 3.2). En particulier, cela implique que l'AFC procède, s'il y a lieu, à l'administration de preuves par les moyens à sa disposition, tels notamment que les documents et les renseignements des parties ou de tiers (cf. art. 12 ss PA). En particulier, les tiers qui ont reçu ou effectué des prestations doivent accorder gratuitement l'accès aux livres comptables, aux pièces justificatives, aux papiers d'affaires et autres documents, dans la mesure où les informations nécessaires ne peuvent être obtenues de l'assujettie (cf. art. 73 al. 1 let. b et al. 2 let. c LTVA).

3.5

3.5.1 La procédure administrative est régie par le principe de la libre appréciation des preuves (cf. art. 19 PA qui renvoie à l'art. 40 de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 [PCF, RS273]; cf. consid. 2.2.1 ci-avant). Ce principe vaut également devant le Tribunal administratif fédéral (cf. art. 37 LTAF). L'appréciation des preuves est libre en ce sens qu'elle n'obéit pas à des règles de preuve légales prescrivant à quelles conditions l'autorité devrait admettre que la preuve a abouti et quelle valeur probante elle devrait reconnaître aux différents moyens de preuve les uns par rapport aux autres (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_1201/2012 et 2C_1202/2012 du 16 mai 2013 consid. 4.5; arrêts du Tribunal administratif fédéral C-510/2013 du 3 septembre 2013 consid. 3.2 et C-6452/2011 du 4 janvier 2013 consid. 4.2). Cette liberté d'appréciation, qui doit s'exercer dans le cadre de la loi, n'est limitée que par l'interdiction de l'arbitraire (arrêt du Tribunal fédéral 2C_1201/2012 et 2C_1202/2012 précité consid. 4.5 et 2C_47/2009 du 26 mai 2009 consid. 5.3; Jean Marc Rivier, Droit fiscal suisse, L'imposition du revenu et de la fortune, 2e éd., Neuchâtel 1998, p. 139; Ernst Blumenstein/

Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 403 s.).

3.5.2 Après une libre appréciation des preuves en sa possession, l'autorité (administrative ou judiciaire) se trouve à un carrefour. Si elle estime que l'état de fait est clair et que sa conviction est acquise, elle peut rendre sa décision. Dans cette hypothèse, elle renoncera à des mesures d'instruction et à des offres de preuve supplémentaires, en procédant si besoin à une appréciation anticipée de celles-ci. Un rejet d'autres moyens de preuve est également admissible s'il lui apparaît que leur administration (renseignements ou témoignages de tiers par exemple) serait de toute façon impropre à entamer la conviction qu'elle s'est forgée sur la base de pièces écrites ayant une haute valeur probatoire (cf. ATF 133 II 384 consid. 4.2.3 et les références citées; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5884/2012 précité consid. 3.4.1,

A-606/2012 précité consid. 1.5.3 et A-163/2011 du 1er mai 2012 consid. 2.3; Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., n. marg. 3.144; Clémence Grisel, L'obligation de collaborer des parties en procédure administrative, Thèse 2008, n. marg. 170). Une telle manière de procéder ne viole pas le droit d'être entendu visé par l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale du 18 avril 1999 (Cst., RS 101; ATF 124 V 90 consid. 4b et 122 V 157 consid. 1d; cf. arrêt du Tribunal fédéral 9C_272/2011 du 6 décembre 2011 consid. 3.1).

3.5.3 Il n'est en outre pas indispensable que la conviction de l'autorité confine à une certitude absolue qui exclurait toute autre possibilité; il suffit qu'elle découle de l'expérience de la vie et du bon sens et qu'elle soit basée sur des motifs objectifs (cf. ATF 130 III 321 consid. 3.2 et 128 III 271 consid. 2b/aa; arrêts du Tribunal fédéral 2C_1201/2012 et 1202/2012 précité consid. 4.5 et 2C_421/2010 du 2 novembre 2010 consid. 3.4; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-629/2010 du 29 avril 2011 consid. 3.2; Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., n. marg. 3.141). La preuve peut également être apportée de façon indirecte, sur la base d'indices, et l'autorité être amenée à fonder sa conviction sur la base d'une présomption de fait. S'agissant d'une telle présomption, qui ressortit à l'appréciation des preuves et ne modifie pas la répartition du fardeau de la preuve, l'administré n'a pas besoin, pour la renverser, de rapporter la preuve contraire du fait présumé. Il suffit qu'il rende vraisemblable que ledit fait ne s'est en réalité pas produit (cf. ATF 135 II 161 consid. 3 et 130 II 482 consid. 3.2; arrêts du Tribunal fédéral 1C_256/2012 du 22 novembre 2012 consid. 3.2.2, 1C_322/2012 du 27 septembre 2012 consid. 5.2 et 1C_155/2012 du 26 juillet 2012 consid. 2.2.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral C-2316/2012 du 1er octobre 2013 consid. 4.2 et 4.3, C-510/2013 précité consid. 4.2 et 4.3 et A-629/2010 du 29 avril 2011 consid. 3.2; Kölz/Hänner/Bertschi, op. cit., ch. 484; Moser/

Beusch/Kneubühler, op. cit., n. marg. 3.143).

3.5.4 En revanche, si l'autorité de recours reste dans l'incertitude après avoir procédé aux investigations requises, elle appliquera les règles sur la répartition du fardeau de la preuve. Dans ce cadre, et à défaut de dispositions spéciales en la matière, le juge s'inspire de l'art. 8 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), en vertu duquel quiconque doit prouver les faits qu'il allègue pour en déduire un droit (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5884/2012 précité consid. 3.4.2, A-606/2012 précité consid. 1.5.3 et A-163/2011 du 1er mai 2012 consid. 2.3; Moor/Poltier, op. cit., p. 299 s.; Rhinow [et al.], op. cit., n. marg. 996 ss; Thierry Tanquerel; Manuel de droit administratif, Genève/Zurich/Bâle 2010, n. marg. 1563; Benoit Bovay, Procédure administrative, Berne 2000, p. 182). De plus, la seule allégation ne suffit pas (cf. les arrêts du Tribunal fédéral 2A.269/2005 du 21 mars 2006 consid. 4 et les références citées et 2A.109/2005 du 10 mars 2006 consid. 2.3 et 4.5; voir également l'arrêt du Tribunal administratif fédéral A-163/2011 du 1er mai 2012 consid. 2.3). Le principe inquisitoire n'a donc - en principe - aucune influence sur la répartition du fardeau de la preuve (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5884/2012 précité consid. 3.4.3, A-5584/2008 du 11 juin 2010 consid. 1.2.2 et A-6120/2008 du 18 mai 2010 consid. 1.3.3), car il intervient à un stade antérieur (concernant la connexité qui existe toutefois en pratique entre ces deux notions, cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-5884/2012 précité consid. 3.4.3 et les références citées).

Appliquées au droit fiscal, les règles sur la répartition du fardeau de la preuve susmentionnées supposent que l'administration fiscale supporte la charge de la preuve des faits créent ou augmentent la charge fiscale, alors que l'assujetti assume pour sa part la charge de la preuve des faits qui diminuent ou lèvent l'imposition (cf. ATF 133 II 153 consid. 4.3; arrêts du Tribunal fédéral 2C_1201/2012 et 1202/2012 précité consid. 4.6 et 2C_649/2012 du 23 octobre 2012 consid. 5.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 5.2 et

A-8017/2009 du 2 septembre 2010 consid. 2.8). Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale apportent suffisamment d'indices révélant l'existence d'éléments imposables, il appartient à nouveau au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations et de supporter le fardeau de la preuve du fait qui justifie son exonération (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_1201/2012 et 2C_1202/2012 précité consid. 4.6).

4.

4.1 Selon l'art. 5 aLTVA, sont notamment soumises à l'impôt, pour autant qu'elles ne soient pas expressément exclues de son champ au sens de l'art. 18 aLTVA (c'est-à-dire exonérées au sens impropre, cf. consid. 2.4 ci-après), les livraisons de biens (cf. art. 6 aLTVA) et les prestations de services (cf. art. 7 aLTVA) effectuées à titre onéreux sur le territoire suisse. Une transaction est effectuée à titre onéreux, soit contre rémunération, s'il y a échange d'une prestation et d'une contreprestation - entre lesquelles doit exister un rapport économique étroit - entre un ou plusieurs prestataires, dont l'un au moins est assujetti à la TVA, et un ou plusieurs bénéficiaires (cf. ATF 138 II 239 consid. 3.2 et 132 II 353 consid. 4.1; arrêts du Tribunal fédéral 2C_732/2010 du 28 juin 2012 consid. 3 et 2C_129/2012 du 15 juin 2012 consid. 4.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4695/2010 précité consid. 2.1.2 et A-4674/2010 précité consid. 2.2.2; Daniel Riedo, Vom Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer und von den entsprechenden Wirkungen auf das schweizerische Recht, Berne 1999, ch. 6, p. 223 ss, en particulier ch. 6.4.2, p. 239 ss, Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., p. 214 ch. 166 à 168; Alois Camenzind/Niklaus Honauer/ Klaus A. Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz, 2e éd., Berne/

Stuttgart/Vienne 2003, ch. 149 ss et 159 ss).

4.2 Les prestations sont en principe attribuées à celui qui, vis-à-vis de l'extérieur, en apparaissant comme prestataire, agit en son propre nom (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1989/2011 du 4 janvier 2012 consid. 2.2.4, A-5747/2008 du 17 mars 2011 consid. 2.4.2, A-4011/2010 du 18 janvier 2011 consid. 2.2.4 et A-5747/2008 du 17 mars 2011 consid. 2.4.1; Ralf Imstepf, Die Zuordnung von Leistungen gemäss Art. 20 des neuen MWSTG, in: Archives de droit fiscal suisse [Archives] 78 p. 757 ss [p. 761 s.]; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., p. 148 ch. 472 ss). Par ailleurs, il convient de relever l'importance déterminante que revêt la facturation en matière de TVA. Selon un principe admis, elle constitue un indice important, voire une présomption, qu'une opération TVA a eu lieu et qu'elle a été effectuée par l'auteur de la facture, agissant en principe en son propre nom (cf. ATF 131 II 185 consid. 3.3 et 5; arrêts du Tribunal fédéral 2C_309/2009 et 2C_310/2009 du 1er février 2010 consid. 6.7 et 2C_285/2008 du 29 août 2008 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1107/2008 et A-1108/2008 du 15 juin 2010 consid. 2.2, A-6048/2008 du 10 décembre 2009 consid. 6.1.3 et

A-1656/2006 à A-1659/2006 du 19 mars 2009 consid. 5.1.1; Mollard/

Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., p. 144 ch. 459; Pascal Mollard, La TVA : vers une théorie du chaos ? in : Festschrift SRK-Mélanges CRC, Lausanne 2004, p. 47 ss, ch. 4.2.2).

5.

5.1 Selon l'art. 46 aLTVA, l'assujetti est tenu de déclarer spontanément l'impôt et l'impôt préalable, en la forme prescrite, à l'AFC. A cet effet, il doit renseigner en conscience celle-ci sur tous les faits qui peuvent avoir de l'importance pour la constatation de l'assujettissement ou pour le calcul de l'impôt (art. 57 al. 1 aLTVA). Il doit également tenir ses livres comptables de manière à ce que les faits importants pour la détermination de l'assujettissement, le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable déductible puissent être constatés aisément et de manière sûre (art. 58 al. 1 aLTVA). A cet égard, la jurisprudence a déjà eu l'occasion de dire que le fait que le compte caisse d'une entreprise présente un solde négatif - alors que, par nature, son solde est nécessairement débiteur - constitue un indice important de l'existence de chiffres d'affaires non comptabilisés ou n'ayant pas été comptabilisés correctement (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.693/2006 du 26 juillet 2007 consid. 4.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1353/2006 du 7 avril 2008 consid. 3.2; décision de la Commission fédérale de recours en matière de contributions [CRC] 2002-177 du 18 juillet 2003 in : Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 68.19 consid. 4c/cc).

5.2

5.2.1 Aux termes de l'art. 60 aLTVA, si les documents comptables font défaut ou sont incomplets, ou si les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une estimation. Il convient en effet d'éviter que les cas où le contribuable se soustrait à son obligation de coopérer ou dans lesquels les documents comptables se révèlent incomplets, insuffisants, voire inexistants, ne se soldent par une perte d'impôt (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_657/2012 du 9 octobre 2012 consid. 2.2 et 2C_59/2011 du 1er juin 2011 in : Revue de droit fiscal [RF] 66/2011 p. 799 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral

A-5798/2011 précité consid. 5.1 et A-1325/2011 précité consid. 6.1).

5.2.2 L'art. 60 aLTVA distingue deux cas de figure. Une estimation a d'une part lieu lorsque des violations de règles formelles concernant la tenue de la comptabilité sont d'une gravité telle que la véracité matérielle des résultats comptables est remise en cause (arrêt du Tribunal fédéral 2A.437/2005 du 3 mai 2006 consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-825/2013 du 16 octobre 2013 consid. 2.5.2 et A-665/2013 du 10 octobre 2013 consid. 2.5.2). Ainsi, la taxation par estimation est une sorte de taxation d'office que l'autorité se voit dans l'obligation d'utiliser en cas de lacunes de la comptabilité. En outre, une estimation intervient également lorsque les résultats présentés ne correspondent manifestement pas à la réalité, soit que des indices peuvent laisser apparaître que les documents comptables ne cernent pas avec exactitude la situation économique (ou réelle) de l'entreprise, soit que les résultats comptables présentés s'écartent sensiblement des résultats obtenus au moyen des coefficients expérimentaux, le contribuable n'étant pas en mesure de rendre au moins vraisemblable les circonstances particulières à l'origine de cette différence (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-825/2013 précité consid. 2.5.2 et A-665/2013 précité consid. 2.5.2; Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation, in : Archives 69 p. 542 ss). Le Tribunal administratif fédéral examine librement si les conditions d'une taxation par estimation sont réalisées (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6198/2012 du 3 septembre 2013 consid. 2.11.2 et A-5836/2012 du 19 août 2013 consid. 2.8.2).

5.3

5.3.1 Lorsqu'elle procède par voie d'estimation, l'autorité de taxation doit choisir la méthode qui lui permet le plus possible de tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause et aboutir à un résultat s'approchant le plus possible de la réalité, ce que prescrit l'art. 60 aLTVA en exigeant que l'Administration fédérale procède "dans les limites de son pouvoir d'appréciation (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_59/2011 du 1er juin 2011 consid. 3.2 et 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 in : Archives 77 p. 343 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-825/2013 précité consid. 2.6.2, A-665/2013 précité consid. 2.6.2 et A-5798/2011 précité consid. 5.2; voir également Mollard in : Archives 69 p. 550 ss).

5.3.2 Entrent en ligne de compte, d'une part, les méthodes reconstructives qui tendent à compléter ou à reconstituer une comptabilité déficiente. L'administration peut notamment, dans ce but, opérer une reprise d'impôt, présumer de l'exactitude d'une pièce justificative ou encore établir le chiffre d'affaires pour une brève période, puis appliquer le résultat ainsi obtenu à une période plus longue (extrapolation). L'AFC peut d'autre part faire usage de la méthode des chiffres d'expérience ou coefficients expérimentaux (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_657/2012 précité consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-825/2013 précité consid. 2.6.2 et A-665/2013 précité consid. 2.6.2; Nicolas Schaller/Yves Sudan/Pierre Scheuner/Pascal Huguenot, TVA annotée, Genève/Zurich/Bâle 2005, ch. 2.3 ad art. 60 aLTVA; concernant le droit de l'assujetti d'être entendu au sujet des chiffres d'expérience, voir, entre autres, les arrêts du Tribunal administratif fédéral A-825/2013 précité consid. 2.7.1 ss et A-5798/2011 précité consid. 5.2.1 s.). Les parties utiles et fiables de la comptabilité, de même que les pièces justificatives disponibles doivent, dans la mesure du possible, être prises en compte dans le cadre de l'estimation et peuvent même servir de base à la taxation (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 6.2 et A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 5.2; Mollard in : Archives 69 p. 530 ss).

5.4 Dans la procédure de recours, l'assujetti peut contester et remettre en cause, d'une part, la réalisation des conditions de l'estimation et, d'autre part, l'estimation du chiffre d'affaires aval en tant que telle. Lorsque (1) les conditions de la taxation par voie d'estimation sont remplies et que (2) dans le cadre de l'examen par le Tribunal administratif fédéral, l'estimation n'apparaît pas d'emblée erronée, il revient au recourant de fournir les moyens de preuve nécessaires, afin d'attester du caractère manifestement inexact de l'estimation (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3 et 2C_430/2008 du 18 février 2009 consid 5.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral

A-825/2013 précité consid. 2.8.3, A-665/2013 précité consid. 2.8.3 et

A-5798/2011 précité consid. 5.3). Dans la mesure où l'AFC a le droit et le devoir de rectifier le montant dû par voie d'estimation (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-825/2013 précité consid. 2.6.1 et A-665/2013 précité consid. 2.6.1), il appartient en effet au contribuable, qui a présenté une comptabilité non conforme aux exigences légales et qui est dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'administration ne correspondrait manifestement pas à la réalité, de supporter les désavantages d'une situation illégale qu'il a lui-même créée (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_657/2012 précité consid. 2.2 et 2C_59/2011 précité consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5798/2011 précité consid. 5.3 et A-1325/2011 précité consid. 6.3).

L'assujetti doit ainsi supporter l'incertitude qui résulte nécessairement d'une estimation en raison de sa violation du devoir d'auto-taxation (arrêt du Tribunal fédéral 2C_309/2009 et 2C_310/2009 du 1er février 2010 consid. 2.2) et ce n'est que s'il démontre que de très importantes erreurs ont été commises lors de l'estimation que le Tribunal de céans remplace par sa propre appréciation celle de l'instance précédente (cf. notamment arrêts du Tribunal administratif fédéral A-825/2013 précité consid. 2.8.2, A-665/2013 précité consid. 2.8.2 et A-5798/2011 précité consid. 5.3). Le Tribunal fédéral a déjà eu l'occasion de juger qu'une telle retenue dans le cadre de l'examen de la taxation par estimation est admissible et ne constitue en particulier pas une violation du droit d'être entendu ni un déni de justice formel (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_970/2012 du 1er avril 2013 consid. 4.3 et 2C_426/2007 précité consid. 4.3).

6.

6.1 En tant que garantie générale de procédure, le droit d'être entendu, consacré à l'art. 29 al. 2 Cst., permet notamment au justiciable de prendre connaissance du dossier, soit de le consulter, avant le prononcé d'une décision. La possibilité de faire valoir ses arguments dans une procédure suppose en effet la connaissance préalable des éléments dont l'autorité dispose. Selon la jurisprudence, la garantie constitutionnelle de l'accès au dossier comprend le droit de consulter des pièces au siège de l'autorité, de prendre des notes et de faire des photocopies, pour autant qu'il n'en résulte pas un surcroît de travail excessif pour l'autorité (cf. ATF 138 V 218 consid. 8.1.2, 135 I 279 consid. 2.3 et 133 I 270 consid. 3.1; arrêts du Tribunal fédéral 5A_832/2012 du 25 janvier 2013 consid. 4.2.2 et 2C_753/2010 du 23 mars 2011 consid. 4.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-566/2012 du 24 janvier 2013 consid. 2.1.2 et 2.1.3; Grisel, op. cit., n. marg. 113; cf. également art. 26 PA).

6.2 Le droit d'être entendu n'est pas absolu et peut être restreint pour la sauvegarde d'un intérêt public prépondérant, dans l'intérêt d'un particulier, voire même dans l'intérêt du requérant lui-même (cf. ATF 130 II 42 consid. 3.2.1, 129 I 249 consid. 3 et 128 I 63 consid. 3.1; arrêt du Tribunal fédéral 2C_699/2008 du 8 décembre 2010 consid. 5.1; cf. également art. 27 PA). Conformément au principe de la proportionnalité, l'autorité doit en outre autoriser l'accès aux pièces dont la consultation ne compromet pas les intérêts en cause (cf. ATF 126 I 7 consid. 2b et 125 I 257 consid. 3b; arrêt du Tribunal fédéral 1C_559/2011 du 7 mars 2012 consid. 2.1). En particulier, le secret fiscal peut s'opposer à la consultation de certaines pièces (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_753/2010 précité consid. 4.2 et 2A.651/2005 du 21 novembre 2006 in : RDAF 2007 II p. 140 et RF 62/2007 p. 236 consid. 2). Les personnes chargées de l'exécution de la loi sur la TVA ou qui sont appelés à y prêter leur concours sont en effet tenues de garder le secret sur ce qu'ils apprennent dans l'exercice de leurs fonctions et de refuser la consultation des pièces officielles (art. 55 al. 1 aLTVA, respectivement art. 74 al. 1 LTVA).

Lorsqu'une autorité refuse au contribuable le droit de consulter une pièce du dossier, elle ne peut se baser sur ce document pour trancher au détriment du contribuable que si elle lui a donné connaissance, oralement ou par écrit, du contenu essentiel de la pièce et qu'elle lui a en outre permis de s'exprimer et de fournir des contre-preuves (cf. art. 28 PA; cf. également concernant l'art. 114 al. 3 de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 [LIFD, RS 642.11], qui reprend en substance la disposition de l'art. 28 PA, les arrêts du Tribunal fédéral 2C_699/2008 du 8 décembre 2010 consid. 5.1 et 2P.185/2006 et 2A.429/2006 du 27 novembre 2006 consid. 4.1).

6.3 L'art. 29 al. 1 Cst. garantit le droit de toute personne, dans une procédure judiciaire ou administrative, à un traitement équitable, ce dont la jurisprudence a notamment déduit l'interdiction de principe, non absolue, d'utiliser des moyens de preuve qui, sans être prohibés, ont été obtenus de manière illicite (cf. ATF 136 V 117 consid. 4.2.2 et 131 I 272 consid. 3.2.1, 3.2.2, 3.2.4 et 4.1). Le droit d'être entendu et le droit à une procédure équitable sont des garanties constitutionnelles de nature formelle, dont la violation entraîne l'annulation de la décision attaquée indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (cf. ATF 127 V 431 consid. 3d/aa; arrêts du Tribunal fédéral 5A_263/2013 du 13 août 2013 consid. 2.1 et 5A_361/2013 du 11 juillet 2013 consid. 5.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-566/2012 du 24 janvier 2013 consid. 2.1.1).

7.

7.1

7.1.1 En l'espèce, dans un grief formel qu'il convient d'examiner en premier lieu (cf. consid. 6.3 ci-avant), la recourante dénonce une violation de son droit d'être entendue en relation avec le refus de l'autorité inférieure de lui communiquer les documents comptables de la société destinataire des factures non déclarées, sur la base desquels il a pu être constaté que cette dernière avait réglé les factures en question au moyen de son compte caisse.

7.1.2 Dans la mesure où les documents en question figurent au dossier de l'autorité inférieure, la recourante devrait en principe avoir le droit de les consulter (cf. consid. 6.1 ci-avant). Ainsi qu'exposé, ce droit peut cependant être restreint (cf. consid. 6.2 ci-avant). Or, tel est bien le cas en l'occurrence s'agissant de documents comptables d'un tiers assujetti dont l'autorité inférieure a eu connaissance dans le cadre de ses fonctions et qui sont à ce titre couverts par le secret fiscal (cf. consid. 6.2 ci-avant). L'autorité inférieure - de même, du reste, que l'autorité de céans - était ainsi tenue à l'égard de tiers, dont la recourante, d'en refuser la consultation (cf. consid. 6.2 ci-avant) et c'est donc à bon droit qu'elle a refusé de les communiquer à cette dernière. Dans la mesure où l'autorité inférieure s'est notamment basée sur ces documents pour justifier la reprise fiscale en relation avec les factures non déclarées (cf. ch. 2.1 de la décision du 4 janvier 2012), il y a toutefois lieu de contrôler si elle a bien informé la recourante du contenu essentiel des documents en cause et si elle lui a en outre donné l'occasion de s'exprimer et de faire valoir ses preuve à ce sujet (cf. consid. 6.2 ci-avant).

7.1.3 En l'occurrence, il apparaît que suite à la contestation formée le 23 mai 2011 à l'encontre de la notification d'estimation du 4 avril de la même année, par laquelle la recourante s'est notamment plainte de la violation de son droit d'être entendue, l'autorité inférieure lui a transmis les factures en cause par courrier du 1er septembre 2011 en lui communiquant en avoir eu connaissance lors d'un contrôle et qu'elle avait "pu constater qu'elles avaient toutes été réglées par le compte caisse". Il s'agit ainsi d'observer, en dépit du caractère succinct de cette précision, que la recourante a bien été informée de l'élément essentiel qui ressort des documents comptables en question, à savoir que les factures sur la base desquelles la correction de son chiffre d'affaires a été opérée ont été payées par leur destinataire. Dans la mesure où, dans sa missive du 1er septembre 2011, l'autorité inférieure a en outre imparti à la recourante un délai au 3 octobre 2011 pour compléter sa "réclamation" du 23 mai 2011, il convient de constater que l'opportunité à bien été donnée à cette dernière de s'exprimer et de produire des contre-preuves à ce propos.

Peu importe, au surplus, que l'autorité inférieure n'ait pas indiqué plus précisément sur la base de quels documents elle a pu constater le paiement des factures litigieuses, comme le dénonce la recourante dans son courrier du 3 octobre 2013 (cf. pièce n° 12 du bordereau joint au mémoire de recours, p. 2 i.f.). Outre qu'une telle indication n'était nullement nécessaire pour permettre à cette dernière de s'exprimer à cet égard, la nature des documents en question ressort en effet implicitement des constatations de l'autorité inférieure et était aisément déductible. Il apparaît du reste que la recourante ne s'y est pas trompée, lorsqu'elle déclare que d'éventuels documents comptables de la société destinataire des factures faisant état de prétendus paiements pourraient avoir été falsifiés et ne constitueraient par conséquent pas une preuve en ce sens (cf. courrier du 3 octobre 2013 [pièce n° 12 du bordereau joint au mémoire de recours] p. 3 ab initio). Partant, il s'agit de constater que l'autorité inférieure a bien respecté le droit d'être entendue de la recourante en rapport avec les documents confidentiels.

7.2

7.2.1 La recourante fait en outre grief à l'autorité inférieure d'avoir violé les garanties élémentaires de procédure découlant de l'art. 29 al. 1 Cst. et de l'art. 6 CEDH. Selon elle, dès lors que les documents en question étaient protégés par le secret fiscal, leur utilisation par l'AFC à son encontre serait illicite.

7.2.2 A cet égard, il s'agit d'abord de rappeler que l'art. 6 CEDH n'est pas applicable dans les procédures fiscales qui n'ont pas un caractère pénal (cf. ATF 133 II 114 consid. 4.3 et 132 I 140 consid. 2.1; arrêts du Tribunal fédéral 2C_175/2010 du 21 juillet 2010 consid. 2.3, 2P.4/2007 du 23 août 2007 consid. 4.2 et 2A.480/2005 du 23 février 2006 consid. 2.2). Par ailleurs, il sied de relever que si en raison du secret fiscal auquel elle est astreinte, l'autorité inférieure peut être amenée à refuser la consultation de certaines pièces figurant au dossier (cf. consid. 6.2 ci-avant), il ne lui est en revanche pas interdit de se fonder sur celles-ci pour trancher. A défaut en effet, la disposition de l'art. 28 PA n'aurait pas de raison d'être (cf. consid. 6.2 ci-avant). Autrement dit, les documents couverts par le secret fiscal ne constituent pas, en eux-mêmes, des moyens de preuve prohibés. En particulier, le fait de se fonder sur de tels documents ne constitue pas, en soi, une violation du secret fiscal. Contrairement à ce que soutient la recourante, il ne s'agit donc pas de procéder à la pesée de l'intérêt public à la conservation dudit secret, d'une part, et, d'autre part, à la pesée de l'intérêt de l'autorité inférieure à pouvoir utiliser les pièces couvertes par ledit secret. En effet, ces différents intérêt peuvent, comme en l'occurrence, être simultanément préservés.

7.2.3 Dès lors que l'autorité inférieure a satisfait aux exigences découlant du droit d'être entendue de la recourante (cf. consid. 7.1.3 ci-avant), la prise en compte des documents confidentiels n'apparaît dans le cas d'espèce pas illicite. La recourante n'indique en outre nullement si et en quoi il s'agirait de considérer que ces documents ont été obtenus illégalement. A cet égard, il n'apparaît pas que l'autorité inférieure soit sortie du cadre de ses compétences en procédant au contrôle à l'occasion duquel elle a découvert les factures litigieuses et pu constater qu'elles avaient été réglées par le compte caisse de leur destinataire (cf. art. 78LTVA). Dans ces conditions, cette dernière était en outre tenue d'accorder à l'autorité inférieure, sur demande de celle-ci, l'accès à ses documents comptables, de sorte que l'on ne saurait reprocher à l'autorité inférieure d'avoir par la suite requis la production des documents en question (cf. consid. 3.4 ci-avant). Il n'apparaît dès lors pas que ces pièces aient été recueillies de manière illicite. Partant, le grief de violation des garanties élémentaires de procédure s'avère mal fondé et doit être rejeté.

8.

8.1 La recourante reproche également à l'autorité inférieure de n'avoir établi ni le caractère authentique des factures litigieuses, ni l'existence de recettes non comptabilisés en relation avec la taxation par voie d'estimation. Elle dénonce à cet égard un abus du pouvoir d'appréciation dont l'autorité dispose en la matière, une constatation inexacte des faits pertinents et une violation de la maxime inquisitoire et des règles sur le fardeau de la preuve.

8.2

8.2.1 Concernant en premier lieu la reprise opérée sur la base des factures litigieuses, il y a lieu de considérer que celles-ci ont été établies au nom de la recourante et portent en outre la signature de l'ancien administrateur président de la société, lequel pouvait alors engager cette dernière par sa seule signature. Ainsi qu'exposé, de tels documents constituent un indice important, voire une présomption, qu'une opération TVA a eu lieu et qu'elle a été effectuée par l'auteur de la facture (cf. consid. 4.2 ci-avant) - c'est-à-dire, en l'occurrence, la recourante. Dans le cas présent, la portée de cet indice est en outre renforcée du fait que selon les documents comptables - produits sur réquisition de l'autorité inférieure - du destinataire des factures en question, il apparaît que celles-ci ont effectivement été réglées. Dans ces conditions, l'autorité inférieure pouvait à bon droit présumer que la recourante avait bien effectué les prestations facturées et il appartenait à cette dernière de rendre suffisamment vraisemblable que le fait présumé ne s'était en réalité pas produit (cf. consid. 3.5.3 ci-avant).

8.2.2 A cet égard, la seule allégation du caractère inauthentique des factures, ainsi que le fait que la recourante ait ouvert action pénale à l'encontre de l'ancien administrateur de la société ne sauraient suffire. Il en va par ailleurs de même des suppositions de la recourante - qui revêtent le caractère d'allégation non prouvée - selon lesquelles les documents comptables de la (supposée) destinataire des prestations en cause ont pu être falsifiés. Concernant en outre les documents bancaires de cette dernière, dont la recourante a requis la production devant l'autorité inférieure, il sied de constater qu'ils n'apparaissent pas déterminants. Ainsi que l'a observé l'autorité inférieure (cf. consid. 2.2 de la décision du 4 janvier 2012), il est en effet possible que les factures litigieuses aient été acquittées de mains à mains et qu'aucune trace bancaire ne puisse en attester. Dès lors que ces documents n'étaient pas susceptibles d'amener l'autorité inférieure à modifier son opinion, cette dernière pouvait renoncer à leur administration en procédant de façon non arbitraire à une appréciation anticipée de la pertinence de ce moyen (cf. consid. 3.5.2 ci-avant). L'on peut au surplus relever à ce propos que pour les mêmes raisons que celles évoquées ci-dessus, les extraits de compte bancaire de la recourante produits devant l'autorité de céans ne sont pas propres à établir l'absence de paiement.

La recourante n'ayant produit devant l'autorité inférieure aucun élément convaincant permettant de douter, avec suffisamment de vraisemblance, du caractère authentique des factures litigieuses, elle devait dès lors se laisser opposer la présomption qui en découle, selon laquelle elle a bien effectué les opérations TVA correspondantes. Dès lors que, dans le cadre de la libre appréciation des preuves, il n'est en outre pas nécessaire que la conviction de l'autorité confine à la certitude absolue (cf. consid. 3.5.3 ci-avant), l'autorité inférieure pouvait dans ces circonstances mettre un terme à son instruction (cf. consid. 3.5.2 ci-avant). Partant, les griefs de violation de la maxime inquisitoire et des règles sur le fardeau de la preuve ne résistent pas à l'examen et doivent être écartés. En tant qu'il n'est au surplus pas contesté - ni contestable - que les prestations facturées étaient en l'occurrence imposables (cf. consid. 4.1 ci-avant), la reprise fiscale opérée sur la base des factures litigieuses apparaît bien fondée.

8.3

8.3.1 Concernant en second lieu le redressement du chiffre d'affaires de la recourante opéré par voie d'estimation, il sied de constater que la comptabilité de la recourante pour l'année 2009 présentait d'importantes lacunes. Il est en particulier établi qu'à plusieurs occasions, le compte "Caisse" de cette dernière présentait des soldes négatifs, ce qui n'est en réalité pas possible dès lors que, par nature, son solde est nécessairement débiteur (cf. consid. 5.1 ci-avant). Dans son mémoire de recours, celle-ci n'expose en outre nullement les raisons pour lesquelles ce compte accusait un tel solde créditeur. Dans ces circonstances, il sied de constater que l'autorité inférieure n'était pas en mesure de déterminer précisément le chiffre d'affaires réalisé par la recourante, de sorte que les conditions d'une taxation par estimation étaient en l'occurrence réalisées (cf. consid. 5.2 ci-avant).

8.3.2 Concernant la méthode d'estimation utilisée par l'autorité inférieure dans le cas présent, il apparaît que cette dernière n'a pas appliqué la méthode des chiffres expérimentaux, de sorte que la jurisprudence concernant le droit de l'assujetti d'être entendu à cet égard ne saurait s'appliquer (cf. consid. 5.3.2 ci-avant), mais qu'elle a procédé à une reconstruction du chiffre d'affaires de la recourante, en se basant sur le solde négatif que le compte caisse de l'intéressée présentait au 31 décembre 2009. Cette manière de procédé apparaît conforme au droit fédéral (cf. à cet égard arrêt du Tribunal fédéral 2C_353/2013 du 23 octobre 2013 consid. 4.2) et n'aboutit en l'occurrence pas à un résultat manifestement erroné. Dans ces circonstances, il est certes permis de se demander s'il est, ou non, question d'une véritable estimation, dès lors qu'il s'agit d'une simple reprise fondée sur l'absence de concordance entre le chiffre d'affaires déclaré et les recettes encaissées (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_353/2013 précité consid. 4.4; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-5274/2011 du 19 mars 2013 consid. 4). Peu importe en définitive que l'on parle d'une estimation par reconstruction, ou d'une simple reconstruction du chiffre d'affaires: Cette question peut en effet demeurer ouverte, dès lors que la reprise apparaît fondée, sous réserve du considérant ci-dessous.

8.3.3 Le Tribunal administratif fédéral s'imposant une certaine retenue s'agissant de l'examen d'une taxation par estimation justifiée (cf. consid. 3.2 ci-avant), il appartenait dès lors à la recourante de démontrer le caractère manifestement inexact de l'estimation (cf. consid. 5.4 ci-avant). Dès lors que cette dernière se limite à affirmer, de façon purement appellatoire, que l'autorité inférieure a manifestement excédé son pouvoir d'appréciation, sans exposer en quoi l'estimation serait erronée, son grief est irrecevable. La recourante devant par ailleurs supporter les désavantages d'une situation illégale qu'elle a elle-même créée et supporter l'incertitude résultant nécessairement d'une estimation (cf. consid. 5.4 ci-avant), elle ne saurait à cet égard se plaindre d'une violation des règles sur le fardeau de la preuve, ni reprocher à l'autorité inférieure d'avoir constaté les faits de manière inexacte. Partant, le recours s'avère également mal fondé sur ce point.

9.

9.1 Par courrier du 20 septembre 2013, la recourante a enfin informé le tribunal de céans de l'avancement de la procédure pénale et sollicité l'apport du dossier correspondant dans la présente procédure, ainsi que les mesures d'enquêtes propres à établir, d'une part, si les factures litigieuses correspondent, ou non, à des prestations réellement effectuées et, d'autre part, à qui ces prestations, ainsi que les montants reçus en contrepartie, doivent le cas échéant être attribués.

9.2 A cet égard, il s'agit d'abord de relever qu'il n'est à ce stade pas possible de se prononcer sur la véracité des déclarations faites dans le cadre de l'instruction pénale - ainsi, du reste, que la recourante l'observe - et qu'un tel examen ne relève en outre pas de la compétence des autorités administratives. Procédant dès lors à une appréciation anticipée et dénuée d'arbitraire du moyen de preuve qui lui est proposé, le tribunal de céans, qui est certain que celui-ci ne pourrait l'amener à modifier son opinion, renonce à faire verser au présent dossier les éléments du procès pénal en cours. C'est en outre le lieu de rappeler que la question de la relation entre la procédure pénale et la procédure administrative a fait l'objet de la décision incidente - entrée en force - du 14 août 2013 relative à la suspension de la procédure. A cette occasion, il a notamment été expliqué que les autorités administratives et les autorités de poursuite pénale sont indépendantes les unes vis-à-vis des autres, de sorte que le juge administratif n'est pas lié par les constatations et les décisions du juge pénal. La question de l'apport du dossier pénal dans la présente procédure a ainsi déjà été tranchée de façon définitive, de sorte que la demande du recourant apparaît pour le surplus irrecevable, la question d'une éventuelle et ultérieure révision ou déduction de l'impôt payé en trop au sens de l'art. 44 al. 2 aLTVA étant laissée ici ouverte.

9.3 S'agissant ensuite des mesures d'instruction supplémentaires requises par la recourante, il convient d'observer qu'à la différence des autorités pénales, les autorités administratives - qui ne peuvent se mouvoir que dans le cadre fixé par l'art. 12 PA (cf. consid. 3.4 ci-avant) - ne disposent pas de moyens intrusifs propres à établir, dans le cas présent, le caractère authentique, ou non, des factures litigieuses. A l'instar de l'autorité inférieure (cf. consid. 8.2.1 ci-avant), le Tribunal peut en outre se fonder sur des présomptions de fait (cf. consid. 3.5.3 ci-avant) et renoncer à des mesures d'instruction supplémentaires qui ne seraient pas propres à entamer la conviction qu'elle s'est forgée sur la base de pièces écrites ayant une haute valeur probatoire (cf. consid. 3.5.2 ci-avant). Dès lors qu'en l'occurrence, le Tribunal peut opposer l'existence des factures litigieuses à la recourante, qui n'en a pas établi le caractère inauthentique avec une vraisemblance suffisante, des mesures complémentaires n'apparaissent pas utiles.

10.

Les considérants qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à rejeter le recours, dans la mesure de sa recevabilité. Vu l'issue de la cause, les frais de procédure, d'un montant total de Fr. 2'000.--, sont mis à la charge de la recourante qui succombe, en application de l'art. 63 al. 1 PA et des art. 1 ss du Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2). L'autorité de recours impute, dans le dispositif, les avances sur les frais de procédure correspondants. Une indemnité à titre de dépens n'est allouée ni à la recourante (art. 64 al. 1 PA a contrario, respectivement art. 7 al. 1 FITAF a contrario), ni à l'autorité inférieure (art. 7 al. 3 FITAF).

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :

1.

Le recours est rejeté, pour autant que recevable.

2.

Les frais de procédure, d'un montant de Fr. 2'000.--, sont mis à la charge de la recourante. Ce montant est compensé par l'avance de frais déjà versée, d'un montant équivalent.

3.

Il n'est pas alloué de dépens.

4.

Le présent arrêt est adressé :

- à la recourante (Acte judiciaire)

- à l'autorité inférieure (n° de réf. *** ; Acte judiciaire)

Le président du collège : Pascal Mollard

Le greffier : Raphaël Bagnoud

Indication des voies de droit :

La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Ce délai ne court pas du 18 décembre au 2 janvier inclus (art. 46 al. 1 let. c LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle et doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).